以波尔布特、康克由、农谢之流为头目的红高棉政权为了要建造一个所谓“最纯粹的社会主义社会”，红高棉的策略是——对党外民众，大规模肃反；对党内同志，进行大清洗。总之红高棉执政的代名词就是，大屠杀。

初期，肃反对象为原城市居民，特别是与西方有接触、受西方教育的知识分子，以及为旧政权工作的人；后期，肃反对象逐步扩大到农民、革命时期的各级干部。作为一个自诩“最纯洁的共产主义政党”，红高棉对党组织的纯洁性追求近乎偏执，波尔布特喜欢用“细菌”来形容党内的异己思想——“它们”无处不在，所以党的眼睛必须时刻睁开。

与历史上所有曾经发生过的大清洗不同，红高棉内部清洗的对象可以使用“全称判断”，也就是针对某个地区党政组织、军队系统的全部成员甚至总人口。譬如1978年在对东部大区地方干部和军队系统的一次大清洗中，半年之內10万多被处决。

屠杀冠以各种崇高的名义，其中的一个，叫做“改造”。红高棉的目标是，将国民悉数“改造”成“新人”，目的是通过“改造”让国民获得“新生”。每位“新人”须重新登记，交代以前的历史，凡在前政权服务过的人、对新政权不满者、地富反坏、不愿自动离开金边者，一律格杀勿论。

接下来是种族和宗教迫害。会说外语的也是死罪，脸颊上有戴眼镜痕迹的人也难逃厄运。许多普通百姓被以越南或苏联间谍、美国特务等罪名遭处决，大多数遇难者全家都被斩尽杀绝，连腹中的胎儿、新生婴儿都要斩草除根，为了免得养虎遗患。