育种虽然要改变群体的遗传结构，但动（家畜）植物繁殖行为差异大，因此具体方法差别比较大。微生物育种可能更偏向植物的方式，鱼类的方式更偏向于家畜育种。

我曾经遇到过一对西班牙搞桔子育种的夫妇，听说如果某家的桔子发生突变，味道特别好，那么他们会非常骄傲，因为这个分枝会很快嫁接到全西班牙。

动物育种则需要在有遗传改进的同时控制近交。近交对畜牧业造成的损失特别大。如果追踪系谱，全世界的荷斯坦几亿头奶牛大约都是某几头公牛的后代。近交程度高，各种遗传病出现的机会就大，管理起来成本就高。相对而言，植物远远比动物对近交的耐受程度高。

遗传学中，我们一般用群体有效大小（Ne）来衡量一个群体的实际遗传规模，或者近交程度。有效大小也能反映群体近交的增速，比如一个群体到下一代，随机交配群体的期望近交增量就是1/（2Ne），因此近交越厉害的群体近交增加的速度也大。荷斯坦奶牛的群体有效大小大约不到20。

不过植物在食物链上低级，量大且分布范围广，因此算起来很多作物的品种的群体有效大小未必如荷斯坦奶牛那么小。比如全世界小麦品种大约有近500个。但这500个品种的内部几乎是完全近交的（请方家指正）。比如俗话说“麦熟一晌”，很重要的一个原因就是这些小麦的遗传基础几乎完全一样。畜牧中也有类似情况，比如鸡的孵化日龄都是21天，常人几乎看不到变异。一般鸭子的孵化日龄可以差出一两天来。但随育种的进行，这个差异也会越来越小。