◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇   从纯学术的角度看丘小庆教授的文章——一些疑问   作者:好事者   近段时间,网络上关于打假的文字真是多的满天飞,先是韩国的黄禹锡事件, 然后是中国的丘小庆事件,本不是关心这类事件的人,炒的人多了,不禁也好奇 了起来。听说丘教授还义愤填膺的驳斥公司人员的诋毁,已经将事件上升到侮辱 中国科学家的高度,因此有了探根究底的欲望。本人自持是一个比较严谨的科研 工作者,因此先将网络上的文章好好温习了一遍,看看这事关学术打假的案子究 竟到了什么深度?仔细一看好像大家都多多少少带着一点偏见在讨论,互相攻击 者众,因此转而仔仔细细将问题的核心:Nature Biotechnology 上的文章读了 一遍,说实话,可能和大多数科研工作者一样,本人还从未带着平视的心态来看 发表在这样的杂志上的文章,或者说带着挑剔的心理来阅读这篇文章,因此这一 看下来,还真的带来很多疑问,下面将本人的疑问列出,纯粹学术角度,不对处, 请科研工作者指正:   1、文中图1a、1b 显示了质粒的构建简图,该质粒来自pSelect-1,约为 5680bp,加上colcin Ia的1878bp,共计7558bp,如果再加上Imm的序列,应该更 长,在这样大的一个载体上作突变是一件很不容易的事情,而且要引入24bp的信 息素序列,并且保证不产生丢失、移码等,可能更加不容易,丘教授用同样的方 法做了多次突变,而且次次成功,令人颇有些疑问。而且全文没有出示突变后的 测序结果,很难让人信服突变成功的可靠性。   图1c用蛋白电泳显示目标蛋白在67KD与94KD之间,蛋白明显靠近94KD,从电 泳图片和本人的分析来看,似乎目标蛋白至少应该有80KD以上?本人用软件对该 蛋白进行了分析,如果按照丘教授的说法,目标蛋白质应该有626+8=634个氨基 酸,因此理论分子量不应该超过75KD,等电点约为9.3,这样的结果似乎与丘教 授的估算不太符合,建议丘教授用质谱测一下目标蛋白的分子量。   另外图1c 似乎应该出示空白细菌或转化其他载体细菌的蛋白质电泳图,否 则该图无法说明图中所示的蛋白质是细菌固有的蛋白质还是新的目标蛋白。   2、方法中显示,本文目标蛋白的纯化方法是离子交换,而笔者通过计算目 标蛋白的等电点约为9.3,如果用PH=9.0的硼酸盐缓冲液的话,笔者很怀疑目标 蛋白在这种状况下是否能带上电荷,从而结合在离子交换柱上?   3、图2中出示了大量的杀菌图,但是笔者仔细研究后发现,这些图从某种意 义上来讲,几乎没有可比性,因为全文没有提示加入的初始菌量,而且不同的实 验中加药的时间也不一致。尤其在图2g、图2h (对特异性解释最关键的数据) 中,加药时间是细菌已经进入对数生长期(A565nm≥0.2)时,而其他细菌则是 在A565nm相当低时加药,蛋白明显的杀菌作用和青霉素的无效对比显然就有被夸 大的嫌疑!   此外,笔者注意到作目标蛋白的洗脱液仍然是的硼酸盐,如果PH=9.0的话, 该PH环境本身会抑制很多细菌的生长,文章中似乎没有最终说明使用的蛋白质处 于哪种PH?在使用的对照组中应该是加入了相应体积的硼酸缓冲液了吧?   同时笔者还发现,图2h所示PMC对绿脓杆菌应该是有明显的杀菌作用,不知 是笔误还是原始情况?   4、表1中提示对MRSA(136株)及MSSA(207株)的MIC50分别是8ug/ml和 0.5ug/ml,与苯唑西林对两者的MIC50趋势相同,即对耐药菌杀菌活性低于敏感 菌。笔者感到好奇的是,既然本文开篇即反复提到PMC的杀菌机制不同于其他抗 生素,而且是一个全新的物质,为何它对耐药菌杀菌活性也低于敏感菌?难道其 杀菌真的是通过链霉素?   5、图4c中使用了合成的AgrD信息素做竞争抑制作用。但是笔者发现了一个 很有趣的现象,按照丘教授在文中提到的理论,用分子数进行比较,笔者大致计 算了一下1ug AgrD(MW≈1000)的分子数约为 1nmol,而200ng、2ug、20ug PMC (MW≈70000)的分子数0.0029 nmol、0.029 nmol及0.29nmol,在分子数悬殊分 别是约330倍、33倍、3.3倍的情况下,看来合成AgrD的受体竞争结合作用值得商 榷?!   6、在动物实验中,丘教授出示了PMC比苯唑西林强大的多的抗菌作用。但是 笔者查阅了苯唑西林的用药剂量,惊奇地发现,文章中使用的苯唑西林为3mg/kg 小鼠,而按照儿童使用有效剂量25mg/kg计算,小鼠的有效剂量当为250mg/kg左 右,若按照文章中使用剂量3mg/kg的话,笔者认为有效的可能性极小,况且实验 中小鼠还是使用的MRSA菌株,因此动物实验的设计本身有缺陷,这种比较完全没 有可比性。建议丘教授好好斟酌一下,是否可以咨询一下作药理的专业人员?   有关链霉素的问题,本人也还有一些疑问,但是因为不知道文章中使用的溶 液量究竟是多少?蛋白含量是多少?前面发表在新语丝的很多篇文章提到了链霉 素的残留问题,公司公布的资料提示,链霉素的含量达到4mg/ml,若这样的样品 作杀菌活性,不知道应该加多少溶液?笔者计算了一下,若按照公司提示的蛋白 含量仅为数mg/ml(假设2mg/ml)的话,加5ug/ml蛋白就相当于加了10ug/ml链霉 素,笔者查了一下链霉素的MIC,若按照国内说明书的标示0.5ug/ml的话, 10ug/ml的杀菌作用显然已经无需置疑了?   以上为笔者阅读丘教授的文章后的初步观感,不对处请指正。   附:   另外一点题外话是,按照中国目前的学术状况,每个人其实都带点小便宜心 理,如果谁说要发篇高影响因子的文章,准备写上我的名字,估计十有八九我是 不会拒绝的,因为像丘这样被抓出来的可能性极小,所以便宜嘛,不占白不占, 而且我压根不知道对方写了些什么的可能性也是很大的,不知道在丘文章上挂名 的这些教授们究竟有几个真正在发表前参与过实验或者看过原文的??现在也不 知道是不是肠子都悔青了(不好意思,套用一句倪萍的话)?唉…… (XYS20060207) ◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇