◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇ 我对司先生魏先生Nat Med的通讯文章的看法(三)及回复各位网友 天行健 司先生在通讯文章中提出的第三个方面的问题是关于抗魏等文中报道的2段Integrin alpha v多肽的抗体是如何发挥生物学功能的。司先生首先阐述了integrin alpha和 beta亚基形成异源二聚体,并因形成异源二聚体而形成配体结合位点,然后配体结合, 经由beta亚基传导信号入胞内的原理。然后问及魏先生的多肽抗体是与alpha亚基的连 续表位结合,如它们不能与结合位点结合,那如何发挥生物学功能;以及为什么针对这 2段多肽的多抗只发挥抑制功能(按上下文理解是在问为什么不能发挥激动剂的功能, 传导刺激信号),另外魏等采用内皮细胞免疫,所诱导产生的抗体中抗VEGFR2和 Integrin alpha v的抗体只应该有一小部分,那么抗VEGFR2和Integrin alpha v的抗体 为何具有如此有效的抗肿瘤功效的呢? 正如司先生所说,Integrin是一类多功能的异源二聚体分子,它涉及胞外基质(ECM) 介导的细胞粘附、细胞迁移、细胞骨架结构、细胞增殖、存活、分化等一系列复杂的功 能,这也决定了它发挥功能的机制是种类繁多的。但同样的,抗体的中和、阻断、干扰 靶分子生物学功能的机制也是多种多样的,包括直接封闭结合位点、造成空间位阻干扰 结合、引起靶分子内化或聚集、或干扰靶分子内化或聚集、造成靶分子构象改变干扰结 合、造成靶分子构象改变干扰或引起信号传导等等。所以,并非必须抗体要与配体结合 位点结合才能阻断配体的结合,发挥生物学功能。已经有报道证明了抗体与Integrin alpha v beta 3的非配体结合位点区域结合一样可以发挥拮抗的功能,例如魏等引用的 Lin等的报道(Cell Adhes. Commun. 6, 451–464 (1998)),而且,我在看法(二) 中提及的抗多受体(glycoprotein (GP) IIb/IIIa, (alpha)V(beta)3 (alpha V beta 3) and MAC-1)的抗体药物ReoPro,虽然其并不与配体结合位点直接结合,但其仍可通 过空间位阻效应或/和变构效应阻断RGD基序配体与这些受体的结合(见ReoPro的药物说 明书)。然而这些只是一些间接的证明,实际上,在确定抗体结合的大致表位的情况 下,我们还可以更深入地直接分析魏报道的2段integrin多肽的抗体的作用机制。想要 了解魏等报道的两段多肽所诱导的抗体如何发挥生物学功能,首先得弄清楚这些抗体针 对的抗原表位到底位于Integrin分子的哪个部位。我所依据的Integrin alpha v beta 3的3D结构信息是Xiong等(Science 2002 Apr 5;296(5565):151)发表的1L5G晶体结构 等,并参考了Takagi等(EMBO.2003,22(18):4607)报道的水溶液中integrin a5b1的天 然构象。将魏的多肽在3D模型中单独显示,可以清晰地看到,integrin-H (545-579)位 于alpha链紧邻膨大头部的第一个长形结构域的二聚体分子外侧表面(关于这两段多肽 的详细表位结构分析,我将在后续的文章中进一步为大家分析),integrin-H (330-364)位于alpha链膨大头部的与RGD结合部位相对应的斜下方。按照integrin-H (330-364)表位的肽链在分子表面的走向,参考抗体一般3D结构信息和分子大小信息 (抗体分子两个结合位点间约7nm),当该表位的抗体结合后,其抗体分子的另外一条 Fab臂或Fc臂将严重地干扰beta 3与alpha v的结合,或是严重阻碍大分子RGD基序配体 与二聚体结合(抗体结合位点与配体结合位点相距<4nm),另外,由于抗体分子将位于 alpha v与beta 3形成的“门”状结构中,也将严重地影响二聚体的天然构象。因此, integrin-H (330-364)表位的抗体依靠其空间位阻效应,即可能严重地干扰二聚体形 成、或/和配体结合、或/和二聚体天然构象,从而发挥其拮抗Integrin alpha v beta 3的生物学功能。但integrin-H (545-579)表位的抗体是如何发挥其生物学功能就较难 理解一些了,该表位位于二聚体分子外侧,又远离RGD结合位点(相距>8nm),抗体与 该位点的结合,难以直接影响配体结合或二聚体形成,除非引起该结构域的变构效应 (不是没有可能,但目前没有证据直接证明该表位的抗体可引起变构效应),但这种可 能性相对就降低了。我查阅了一些资料,关于alpha 4的抗体研究资料(Schiffer,J Biol.Chem.1995,270,14270)显示,该表位的抗体可能因二聚体分子间的位阻效应具有 抗同型分子聚集的作用。然而,抗同型Integrin alpha v beta 3分子聚集与抗肿瘤血 管生成又如何关联的呢?我们知道,目前大部分肿瘤血管生成均是由肿瘤分泌的血管内 皮生长因子VEGF所诱导的,大量的研究已经证明了Integrin alpha v beta 3在VEGF诱 导的肿瘤血管生成中扮演了重要的角色,阻断Integrin alpha v beta 3可以抑制VEGF 诱导的血管生成。然而,Integrin alpha v beta 3在此过程中还不仅仅是介导细胞与 ECM的粘附或是传导信号,它还参与了ECM介导的细胞运动,这也是血管形成的一个关键 步骤,阻断干扰细胞运动能力,也将显著抑制VEGF诱导的血管形成。在管形成中,VEGF 作用于细胞后,首先上调了Integrin alpha v和beta 3的表达,并进一步发生Integrin alpha v beta 3二聚体的聚集,从而重新组构Integrin alpha v beta 3在胞内连接的 细胞骨架蛋白(例如actin),调控细胞在ECM上的运动,阻断Integrin alpha v beta 3二聚体的聚集,将严重抑制细胞在ECM上形成管状结构,提示着也将严重抑制血管形成 (Fukushima, Biol Reprod. 2005,73(1):172)。至此,我们看到,原来integrin-H (545-579)表位抗体虽然可能不能直接影响Integrin alpha v beta 3与配体的结合,或 是影响信号传导,但却可以通过影响Integrin alpha v beta 3聚集的作用,从而影响 细胞受VEGF诱导时的运动功能,进而影响血管形成过程,最终发挥其拮抗血管生成的生 物学功能。 至于这两段多肽的抗体是否能发挥激动剂的作用,我的调研结果是可能性十分十分地 小。因为Integrin alpha v beta 3的信号是由beta 3变构后传导的,目前已知的多种 抗alpha亚基抗体,均未见到具有激动剂作用的报道,仅见抗体与beta亚基变构结合后 可引起信号传导的报道。很难推论与alpha亚基的结合,即使是引起alpha亚基变构的结 合,可以通过接触面显著地引起beta亚基的变构,从而传导信号。 关于司先生所问及的魏等采用内皮细胞免疫,所诱导产生的抗体中抗VEGFR2和Integrin alpha v的抗体只应该有一小部分,那么抗VEGFR2和Integrin alpha v的抗体为何具有 如此有效的抗肿瘤功效的问题,我想,魏文中报道的内皮细胞免疫的显著的抗肿瘤血管 生成效应该并非仅或主要来自抗VEGFR2和Integrin alpha v的抗体,而是来自于多种 HUVEC异常表达的分子(包括尚未鉴定的可能的多种非连续表位抗体的作用)。魏文中 仅是以VEGFR2和Integrin alpha v为例显示了多抗中含有抗重要的血管生成相关分子的 拮抗型抗体而已,全文中均未证明抗VEGFR2和Integrin alpha v的抗体起着主要作用 (例如,用VEGFR2和Integrin alpha v重组蛋白吸附血清后再测定其抗血管生成的能力 或抑制内皮细胞的能力)。 发出之前看了一眼新到资料,呵呵,猪头看世界老弟预测的不错啊。不过,我想说的 是,俺的分析是基于已有的报道和科学的分析,如果您认为有错,尽可指出,拿出科学 的证据,俺也是会信服的,俺说过,我的参与,没有预设结果,谁有理信谁的。但科学 就是科学,不会因讨论的双方的身份就会发生什么变化。 欢迎大家批评指正我的分析。 另外,猪头看世界老弟,俺认为重复魏文的关键实验现在也就是70-80万之内的事情, 如果真的有委员会要求重复,俺倒是真的非常想参加,而且,俺还想在此基础上加做 1、2个实验(俺的具体想法还不便透露,嘻嘻,know how啊),也许,会有一些更新的 发现。 回复zhenwu网友的信,及对冷眼向洋看世界网友的附言 zhenwu网友,你好。你谈到俺取了个好名字,俺想说的是,取不取好名字不重要,重要 的是凡我中华之族辈,皆应自强不息,为我伟大之中华之复兴尽己绵薄之力。以前我就 说过,我讨厌借种种理由而不为生养他的中国出力的人。 您来信的(1)谈到您的观点是:“一言堂是不需要的,但更不需要的是假借反对一言 堂而举办谎话连篇,或者混淆视听,或者转移视线的“多言堂”以及偷天换日的勾 当。”。没错,我现在参与进来,所想要做的就是将有些缺乏事实根据,或者混淆视 听,或者转移视线的,以及偷天换日的言论清理出来,一一加以质问。只不过,俺是在 俺知道或能够把握的领域内进行,以事实为依据,以科学为准绳对于这些言论加以分 析,如君以为俺的分析有何违背事实和科学之处,敬请指出。另外,俺的目的最主要的 是,俺希望看到建立的是一个长久、公平、科学、公正、有效的打击学术不端的制度, 而不是仅仅乐于看到司魏之争中最后谁的倒掉。我说过,由于此次事件的特殊性(首例 性),这次事件无论结果如何,都将被后人作为经典案例引用,因此,维护此次事件的 严肃性、处理方式的公平性、制度的可操作性长期性、处理程序的科学性都是非常重要 的。滥用情绪,缺乏事实和科学根据的指控同学术不端一样,也是极其危险的,两者均 可毁掉我们的科技界。逞一时之快,破坏制度的公正性、科学性、客观性,也许,在一 些极特殊的个案中可以起到作用,但它的破坏性作用却是长久的、广泛的和危险的,这 也是文明法律体系中均拒绝接受非法取证的证据的出发点,即使该证据是事实。这就是 我的观点,一个充斥着无端指控的学术界和一个充斥着学术腐败的学术界都会同样浪费 纳税人的钱而什么生产力都不能转化出来,我认为必须小心地防止这两种现象的出现。 至于您下文提到的关于指控、犯罪事实、警方、犯罪嫌疑人的观点,我实在不敢苟同。 并且,我想指出的是,您这些观点在法理上基本上是都是错误的。众所周知,法律执行 的最基本的原则是:以事实为依据,以法律为准绳。还有,您错误地将民事诉讼和刑事 诉讼(需要公安机关、检察机关侦查或提起公诉),以及公安机关和检查机关的权利范 围搞混了(虽然俺看的懂你想说的意思,但趁此机会普及一下法律知识,因为法律是庄 严神圣的,在公开场合最好不要搞错,这样是极不严肃的)。关于您的犯罪事实、犯罪 分子等的论断我不想再多加评论,君可向法律专家咨询即可自知其误,但是,我想指出 的是,我国乃至世界各国,警方(实际上是检方)提出的诉讼指控主张皆是有清楚的事 实为依据的,否则法庭只能驳回诉讼。反过来,君试想一下,如果检方的大量指控还有 不科学的地方,还缺乏完部的事实依据的指控,恐怕正是冤狱横行,彻底丧失法制的征 象吧。 您来信的(2)谈到我说“很多网友都已经明确地下了“魏于全学术造假”结论”,我 想,可能您仍然没有在确凿的事实或科学依据下下结论,还只是在等待委员会的结论 吧,那么,俺说的网友里面就不包括您了。下面引用了一些文章,您看看有没有俺说的 下结论的网友存在(俺还仅列举了这两天凭借学术证据指控的,那些凭感觉的俺就不说 了):《天行健是否挺魏于全》海水一滴网友:“我虽然确信魏于全造假,N/M论文fig 7中photoshop处理痕迹明显,假图。中华肿瘤论文中图2是假图。”《回天行健:魏于 全的NM绝对是造假无疑》天理何在网友。《回天行健:魏于全的NM的Fig7图绝对是造假 无疑》frankf网友。《魏大院士的牛图,12个条带8条有假!》故事迷网友。而且,这 些网友的所谓证据,俺已经考察分析过了,实在是经不起推敲。 您来信的(3)谈到有网友象俺一样“都在等待一个独立、权威的委员会给出结论”, 并且,“更多的网友(包括我本人在内)与你等待的不同,他们在等待魏于全公布实验 的原始纪录和详细过程,期待司履生那类的好事者重复魏于全的实验,还事实本来面 目。”。幸甚幸甚,我比你们都更想重复魏的实验,因为你们也许只是想探究事情的真 相,而俺因为专业相近,更想在此过程中顺便探索一些新的想法。但是,钱谁来出,委 员会的成本远低于重复实验,如果委员会能给出一个公正、客观、科学的结论,谁有资 格浪费纳税人的钱,如果委员会也认为需要重复实验才能做出结论,我倒是建议在重复 的同时加入一些新的内容(这样会节省大量的连带经费的支出),以便可能同时获得一 些新的发现,尽量节省社会资源。另外,心中已有定数的网友并不是没有,比如海水一 滴网友所说:“我虽然确信魏于全造假,N/M论文fig 7中photoshop处理痕迹明显,假 图。 中华肿瘤论文中图2是假图。被质疑1个多月了还拿不出任何原始数据,造假的可能性超 过99%。但是我也在等有关部门给出结论,而且希望是心中期待的结论。”。 您来信的(3)(俺想可能是4)谈到“你的想法“俺想说的是,等魏拒绝向委员会提供 原始数据再说吧,现在说还不是时候。””,你认为俺的想法有什么错误吗?首先,俺 已经在以前的文章中说过了,俺想要见到的是一个国际权威委员会(当然,俺估计这样 需要中科院和NM编辑部的配合,或川大直接移交国家最高学术机构来组织),俺也注意 到川大的表态:“据新华社成都4月18日电,由魏于全教授本人正式提出,四川大学经 研究同意将在适当时间举行由国内外肿瘤学和免疫学领域权威专家组成的答辩听证会, 邀请魏于全教授和司履生教授陈述各自观点和证据,由专业领域的专家作出科学判 断。”俺想,此委员会非君在此文中所指的彼委员会吧。另外,俺也查阅了美国公共卫 生署(PHS)处理学术不端的联邦法规,法规规定,检举人在提交其指控后,调查权将 被给与相应的委员会,而检举人天然成为法定的证人,并有义务参加其后的质询、听 证、调查。所以,俺的说法并无不妥之处,如阁下觉得你有什么好办法,请明示,并顺 便论证一下其公正性、客观性、科学性方面的优势。 您来信的(4)(俺想可能是5)谈到“你实在厉害,可谓博学多才,就像魏于全,学的 是病理,破译了癌症密码,后来又搞临床研究,取得辉煌的成就——治愈或延长或改善 病人的……,很可惜的是,诺贝尔获奖者的名单里并没有你们二位的大名。”俺想说的 是,这正是俺终身奋斗之目标,虽然这难于上青天(美国自上世纪70年代以来,投入 1200亿美金发表了超过150万篇关于肿瘤诊治研究的论文,可到现在恶性肿瘤的总体死 亡率变化微小,而且这些变化还多是由于几种癌的临床早期诊断手段的进步带来的)。 但是,如果阁下是在暗示把无知、或是少知当光荣,俺实在难以苟同。最后,提醒您一 下,学科交叉,反而容易有新的发现和创新,这是世界范围内人所共知的事情,阁下嘲 笑这个问题恐怕会成为一个反讽。 最后,将俺的好名字也赠与zhenwu网友共勉。 对冷眼向洋看世界网友的附言:您提到“要知道在科学上遵循的就是“有罪推定”原 则。除非你有充分的证据来支持你的结论,否则你的结论不能得到认可。”。讲的非常 对,文章所发表的结果就是来证明所提到的主张的,可是,到您提出质疑造假主张的时 候,阁下也应该发表充分的证据来支持您的结论啊,按您的说法,如果您不发表充分的 证据,您的结论是不能得到认可的。另外,俺的“辛苦”不是为了您所说的“让中国魏 一个人感动”,以后如对俺寄语请勿使用这种逻辑,实令我感到厌恶,请就事论事,有 话直说。 (XYS20060511) 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