2 伽利略时期， 科学方法的萌芽和宗教的反应，

我们都知道， 天主教烧死布鲁诺， 迫害哥白尼和伽利略。这些人物是科学的先驱， 根据贡献， 可以称为科学家， 但是要注意， 现代科学要到牛顿《原理》出版， 创立了力学， 我们才进入了科学的时代。

当时的教会自然不知到科学是怎么回事， 他们发现有部分基督徒说法和圣经不一致， 教会有经验的是处理异端。 异端是教会里有一定影响的人， 突然提出一个和主流观点不一致的说法，带走一部分信徒， 使得教会分裂。 这是比较严重的， 是教会高度重视的。 比如说日心说， 和圣经不同， 是不当言论， 日后如果哥白尼创立新教，
日心教，一部分信众被分流了， 日心说就是异端。

教会在这个时候出现误判，把科学方法萌芽当作异端， 以为这几个成员要分裂教会， 于是从重处理， 有的烧死， 有的关押。

这个地方很微妙。 科学方法指的是精确观察， 严密推理。日心说和圣经直接矛盾， 事实证明， 科学昌明教会人数自然减少，教会可能遭受灭顶之灾， 那这是很大的一个异端， 如果你说他们想形成教会的一个新的门派， 他们完全没有这个想法。

随着时间的推移， 教会也发现科学不是传统的异端，于是牛顿没有受到迫害，教会为其举办隆重葬礼， 对伽利略的迫害又平反了。

总之， 教会处理过几个科学先驱， 但是并没有出现大规模的迫害科学家， 也没有大规模的迫害无神论者。

我给你举一个大规模的例子。 新中国成立以后， 全面推广无神论，
成规模的牧师， 道士， 僧人， 封建迷信从业人员， 或批斗， 或判刑。无神论者做得有过之而无不及。